在日本的太平洋外海上有座名为「天尊」的人工岛，在当时首位女性总理大臣封龙寺常盘子的提倡下成立了一所全新学园「天尊学园」，表面上是为了培育真正日本女性的精英学校。主角‧雨洲九未为了查出大姐‧十和死亡的真相而转学至此，没想到却是她苦难的开端。在这里校规代表了一切，但是到了放学后却连校规都不再适用，每个学生为了争夺对方的校徽可以不择手段，甚至将对方杀了都在所不惜。九未为了多了解学生会，得知班级委员柳生院可能知道大姐‧十和的事，但是对方冷漠的态度却让她跟柳生院杠上。放学后因为宿舍莲蓬头故障，让她被迫来到大浴池洗澡，却也因此认识了学校当中另一位实力强劲的沙原野纱罗。为了救出被学生会带走的不来幸呼，九未只好忍辱负重成了柳生院的跟班，她的委曲求全就连沙原野都快要看不下去。不过她并没有因此闲着，甚至默默地画出整个学园的通道图，就是为了救人做准备。女子学园大逃杀最后一集将会有什幺样的发展跟结局呢？